Kolonya ng Espanya
Ang permanenteng paninirahan ay naitatag lamang noong 1565 nang makarating ang ekspedisyon na pinamunuan ni Miguel Lopez de Legazpi sa Cebu mula sa Mexico. Ang pamumuno ng mga Espanyol ay naitatag sa mga maliliit na malayang pamayanan na walang alam sa pamahalaang sentralisado. Matapos ang anim na taon, nang matalo ang isang Muslim na datu, itinatag ni Legazpi ang isang lungsod sa Maynila, na nagbigay ng pangunahing daungan sa Look ng Maynila, isang malaking populasyon at malapit sa mga kapatagan ng Gitnang Luzon. Naging sentro ng pamahalaang kolonyal ang Maynila, pati na rin ang aktibidad na pang-militar, panrelihiyon at pangkalakalan (commercial).
Naglayag ang mga bantog na galyon sa pagitan ng Maynila at Acapulco, Mexico. Dinala nila ang pilak at ilang mahahalagang metal mula sa Bagong Mundo sa Maynila upang bumili ng mga pampalasa mula sa Moluccas at ang porselana, ivory, lacquerware at sutla/seda mula sa Tsina at Timog-silangang Asya. Bagama't ginamit ang mga ito sa Mexico, karamihan sa mga kalakal ang dinala sa Espanya, upang ipagbili sa Europa.
Ang Pilipinas ay naging lalawigan ng Nueva Espanya hanggang 1821, nang makamit ng Mexico ang kalayaan.
Ang pananakop sa kapuluan ay nagtagumpay na walang pakikipaglaban (maliban sa mga Muslim). Naging problema ng mga Kastila ang pakikipaglaban ng mga Muslim sa Mindanao at Sulu. Bilang sagot sa paglusob ng mga Espanyol sa mga Muslim at kanilang mga kakampi, sinalakay nila ang mga lugar sa Luzon at Bisayas na nasa ilalim ng pamamahala ng Espanyol. Naglunsad ang mga Kastila ng mga kampanya laban sa mga Muslim, ngunit wala itong naging tiyak na resulta hanggang sa gitna ng ika-19 siglo.
Magkaugnay ang Simbahan at Estado noong panahon ng Kastila. Naging responsibilidad ng estado ang mga institusyong panrelihiyon. Isa sa mga naging layunin ng Espanya sa kolonyalisasyon ng Pilipinas ay ang pagbibinyag ng mga tribu sa Kristiyanismo. Ang pagpapalit ng relihiyon ay naganap dahil sa kawalan ng ibang maayos na relihiyon, maliban sa Islam, na laganap sa Timog. Ang mga seremonya ng simbahan ay naging bantog, na naging dahilan upang mapasama ang iba't ibang pista sa tradisyong Pilipino.
Watawat ng Nueva Espanya.
Naging sanhi nito ang pagdami ng mga Katoliko sa bansa, na tinutulan ng mga Muslim sa Mindanao at mga tribu sa Hilagang Luzon (tulad ng mga Ifugao ng Kordilyera) at ang mga Mangyan ng Mindoro.
Ang mga Kastila ay nagtatag ng tradisyonal na organisasyon ng barangay sa pamamagitan ng mga pinunong lokal sa mababang antas ng pamamahala. Ang istilong ito na di-direktang pamamahala ang nagdulot ng pagbubuo ng mataas na antas ng mga Pilipino na tinatawag na principalia, na naging mayaman, mataas ang respeto at iba pang mga prihibelyo. Ito ay nagpakita ng isang sistemang oligarkiya sa lokal na pamamahala. Ilan sa mga pagbabago sa ilalim ng pamamahala ng Espanya ang pagpapalit ng ideya ng pagmamay-ari ng lupa sa konsepto ng pribadong pagmamay-ari at ang pagbibigay ng titulo sa mga kasapi ng principalia.
Hindi kumita ang Espanya sa Pilipinas bilang isang kolonya, at malapit nang maubos ang salapi ng pamahalaan dahil sa digmaan laban sa mga Dutch at sa pakikipag-laban sa mga Muslim. Ang kita ng pamahalaang kolonyal ay nanggaling sa kalakalang galyon.